Bên ngoài sân cỏ, Honda tham gia nhiều hoạt động xã hội. Anh được biết đến là người đã lập ra Quỹ Yume - một sáng kiến ​​toàn cầu để dạy về tầm quan trọng của việc có một giấc mơ, cung cấp học bổng cho sinh viên – vận động viên có điều kiện kinh tế khó khăn. Đến nay, tổ chức này đã lập ra 18 trại bóng đá ở các quốc gia như Indonesia, Việt Nam, Thái Lan, Uganda, Campuchia và Hoa Kỳ. Quỹ Yume sau đó đã phát triển thành Soltilo & Surf Cup Sports. Quỹ có hơn 70 chương trình và 15.000 trẻ em trên toàn thế giới, từ thanh thiếu niên đến các cầu thủ trẻ chuyên nghiệp. Những triết lý mà Honda đã đúc kết được qua nhiều năm chơi bóng là những gì mà chương trình này giảng dạy.

Honda từng mở học viện bóng đá ở Campuchia năm 2016. Anh cũng là chủ tịch của Soltilo Angkor - CLB thi đấu ở giải VĐQG Campuchia. Đội bóng có ba cầu thủ người Nhật Bản, gồm Kento Fujihara, Unno Tomoyuki và Yuta Kikuchi. Honda cũng vừa hùn vốn mở một quỹ đầu tư mạo hiểm với ngôi sao Hollywood - Will Smith. Ngày 12 tháng 8 năm 2018, anh được Liên đoàn Bóng đá Campuchia (FFC) bổ nhiệm làm huấn luyện viên trưởng của đội tuyển bóng đá quốc gia Campuchia, cầu thủ người Nhật còn kiêm luôn vai trò quản lý mọi hoạt động của đội bóng đang đứng thứ 166 trên bảng xếp hạng FIFA. Hợp đồng làm HLV tuyển Campuchia không ảnh hưởng đến sự nghiệp cầu thủ của Honda, bởi anh sẽ chỉ đạo ban huấn luyện Campuchia thông qua những cuộc gọi video hàng tuần. FFC cũng khẳng định muốn sự trợ giúp của Honda trong việc phát triển bóng đá trẻ nước này[2].

Anh trai của Honda cũng là một cầu thủ bóng đá. Chú của Honda là Honda Daizaburo là một vận động viên canoeing từng đại diện Nhật Bản tranh tài tại Thế vận hội Mùa hè 1964 tại Tokyo. Con trai của Daizaburo là Honda Tamon từng tham dự ba kỳ Thế vận hội liên tiếp ở môn vật tự do từ năm 1984 đến năm 1992 và hiện là vận động viên vật chuyên nghiệp.[84]

Anh kết hôn với Misako, một giáo viên mẫu giáo, và họ đã có một đứa con trai.